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ε-聚賴氨酸的作用機理主要表現在如下3個方面：

(1)作用于細胞壁和細胞膜系統；

(2)作用于遺傳物質或遺傳微粒結構；

(3)作用于酶或功能蛋白。我們對聚賴氨酸的抑菌性能進行了研究，發現ε一PL不僅可抑制耐熱性較強的G+的微球菌，而且對其它天然防腐劑(如Nisin)不易抑制的G-的大腸桿菌、沙門氏菌抑菌效果亦非常好，同時還可抑制保加利亞乳桿菌、嗜熱鏈球菌、酵母菌的生長。但是單獨使用ε-PL時對枯草芽孢桿菌、黑曲霉抑制不明顯，采用ε一PL與醋酸復合處理，對枯草芽孢桿菌增強，經高溫處理后的ε- PL對微球菌仍有抑菌活性。